Arkefly xuất xứ từ hãng Air Holland thành lập năm 1981. Sau những khó khăn về kinh tế, Air Holland được bán cho Exel Aviation Group và đổi tên thành HollandExel trong tháng 3/ 2004. Tháng 5/2005 Exel Aviation Group tuyên bố phá sản và TUI Group mua hãng, đồng thời đổi tên thành Arkefly, theo tên công ty du lịch Arke là công ty con của TUI Group. Arkefly được tổ chức lại và bắt đầu hoạt động từ tháng 9/2005.